Со временем на дне водоема появляются мощные слои ила, в которых при полном отсутствии кислорода происходят гнилостные анаэробные процессы. Часть веществ, например, соединения железа, переходят из окисной в растворимую закисную форму и вновь поступают в толщу воды. Возникает вторичное загрязнение, сильно ухудшающее качество воды и нарушающее кислородный режим. Начинаются процессы заболачивания, водоем теряет свои привлекательные качества, постепенно превращаясь в болото.
Остановить эти процессы полностью нельзя, однако можно из существенно замедлить. Прежде всего надо снизить нагрузку на водоем, ограничив поступление органического вещества, при необходимости повысить водообмен, установить аэраторы для обеспечения благоприятного кислородного режима. Эффективной мерой является внесение по воде негашеной извести. Радикальным же решением проблемы считается осушение водоема, механическое удаление ила с ложа пруда и его известкование.
Очистка от донных отложений возможна и с помощью различных земснарядов. Есть также устройство (гидромонитор), комбинирующее размыв донных отложений с аэрацией полученной взвеси. Этот процесс значительно ускоряет минерализацию органического вещества и препятствует накоплению органических остатков на дне водоема.
